Auf dem Gebiet von Berkheim gibt es Spuren einer Besiedlung seit dem 3. Jahrtausend v. Chr.. Aus der Römerzeit gibt es Spuren in Form einer Villa. Die erste kleine Holzkirche entstand gegen Ende des 7. Jahrhunderts.
1142 wurde Berkheim von Graf Berthold von Hohenberg-Lindenfels dem Kloster Denkendorf vermacht. Als sich das Kloster unter den Schutz Württembergs stellte geriet Berkheim zwischen die Fronten.
1535 wurde Berkheim evangelisch.
Im 19. Jahrhundert wurde aus dem Bauerndorf im Zuge der Industriellen Revolution eine Arbeiterwohngemeinde. Immer mehr Einwohner gingen zum Geldverdienen in die Fabriken nach Esslingen.
3. April 1974 – Berkheim wurde eingemeindet. Bürgermeister Wilhelm Deuschle (Berkheim) und Oberbürgermeister Eberhard Klapproth (Esslingen) unterzeichneten den Eingliederungsvertrag. Damit wurde auch die so genannte unechte Teilortswahl eingeführt, womit gewährleistet wurde, dass immer eine festgelegte Anzahl Berkheimer in den Esslinger Gemeinderat einzog. Im Vertrag wurde auch aufgenommen, dass im Rathaus von Berkheim eine eigene Ortsverwaltung erhalten bleibt.
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